Kriticky ohrožený orel mořský je s rozpětím křídel i přes dva metry největším dravcem žijícím v České republice. Živí se převážně rybami a vodními ptáky, v zimě požírá i mršiny. Hnízdí převážně na stromech. Dospělí ptáci nemají v přírodě přirozeného predátora, největší hrozbu pro ně tak představuje lidská činnost. V časných fázích hnízdění jsou velmi citliví na vyrušování, přítomnost lidí v blízkosti hnízda může vést až k jeho opuštění. Případy neúspěšných hnízdění nebo opuštěných lokalit často souvisejí třeba i jen se zvýšeným pohybem turistů, nebo prováděním lesnických prací v okolí hnízda. Vážným problémem je přímé pronásledování orlů mořských jak formou zástřelů, úmyslné likvidace hnízda, tak i otrav karbofuranem. Podle zákona o ochraně přírody a krajiny za usmrcení zvláště chráněného živočicha hrozí udělení pokuty. Mohlo by se také jednat o trestný čin podle trestního zákoníku.

V důsledku kůrovcové kalamity dochází k výrazným změnám v lesních komplexech. Tyto rozsáhlé změny představují ohrožení i pro další zvláště chráněné druhy ptáků hnízdících v lesích – zejména čápa černého, včelojeda lesního, ostříže lesního a rovněž i pro druhy využívající k hnízdění dutiny stromů jako je kulíšek nejmenší, sýc rousný a holub doupňák. Při rozsáhlé nahodilé těžbě je zapotřebí ponechat vlastní hnízdní strom společně s několika dalšími stromy v bezprostředním okolí. I když orli vykazují k původním hnízdům značnou vazbu, solitérní strom je pro ně již zcela nevyužitelný